有機化合物（ゆうきかごうぶつ、organic compounds）とは、炭素原子を構造の基本骨格に持つ化合物の総称である。
ただし慣例として、グラファイトやダイヤモンドなど炭素の同素体、一酸化炭素、二酸化炭素あるいは炭酸カルシウムなどの金属炭酸塩、青酸と金属青酸塩、金属シアン酸塩、金属チオシアン酸塩は炭素を中心とした分子種であるが、無機化合物とされる。その理由は後述するように「有機化合物は生体が産生する化学物質である」とした歴史的な定義が存在したためであり、ここで挙げた炭素化合物はその当時から生体が関与しない化合物として発見されていたことから、無機化合物とされた。
有機化合物は炭素骨格の長さおよび分岐の多様性に関して制限が無く、無機化合物に比べて複雑な構造を取ることが出来るという特徴を持つ。また炭素に窒素、酸素、硫黄、燐あるいはハロゲンなどが結合して生成する官能基も多様であり、それぞれが独特の特性を持つことから、炭素骨格の多様性とあいまってほとんど無限といって差し支えの無い多様性を発現する。その多様性ゆえ有機化合物は生物を構成する要素になりうるのである。また、有機化合物を指して有機物（ゆうきぶつ）と言うこともある。
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化学の領域で専ら有機化合物を扱う化学を有機化学と呼称する。
近代科学の黎明期から有機化合物と生物とは密接な関係にあった。それらに関する歴史的な経緯は生物学と有機化学の年表にも詳しいが、18世紀までは今日で言う有機物は、ある意味で生物の付属物としてみなされていた。それ故、19世紀はじめの生物学者イェンス・ベルセリウスは、17世紀 - 18世紀の化学者ゲオルク・エルンスト・シュタールの生気論の主張である有機体（生物）の体内でしか製造できない化合物という概念を言語化し「有機物」という名称を提唱した。
有機化合物が生物から独立した化学の研究対象と考えられるようになったのは、1828年にフリードリヒ・ヴェーラーの尿素の合成に端を発する。ベルセリウスの弟子であったヴェーラーは、シアン酸アンモニウムを加熱中に尿素が結晶しているのを発見し、無機物から初めて有機物の尿素を合成していたことを師のベルセリウスにも知らしめた。
この発見以降、生物の関与なしに、複数種類の有機物が化学的に合成され、生気論に打撃をあたえた。有機物という語は「生物由来」という概念を内包しており、厳密にいうならば有機化合物の区分と有機物の区分は完全には一致しない。そして有機物という語はベルセリウスのものに比べ若干変わったのを除けば殆ど変わらず現在でも言い表されているが、実際には生物を介さず化学的に合成された有機物が殆どを占めている。あるいは「生物由来の有機化合物」という意味で、「天然物」あるいは「天然化合物」という語も使用される。